1935年2月20日～1989年4月27日、国の運営する鉄道として高千穂の地に誕生しました。

1989年4月28日、国鉄より第３セクターであるＴＲ高千穂鉄道として運営が移管されました。災害による今回の運休まで、多くの困難を乗り越えて運営されてきました。

2005年9月6日に台風14号が九州に上陸し、多くの災害の爪痕を残していきました。TR高千穂鉄道も例外ではなく、今回の運休という多大な被害を受けてしまいました。